排毒是酵素重要的功能之一，酵素可以帮助组织分解、代谢（排除）患处或局部组织器肉所残留的二氧化碳、异物、细菌病毒及人体代谢物等，使身体恢复正常状态。此外，促进食物的消化、吸收也是分解作用之一。根据临床实验报告统计、未服用酵素前与服用酵素后的尿酸（uric acid）、乳酸lactate）、尿素氮（BUN）、阿摩尼亚（ammonia）等有明显的改善及下降。
众所周知，尿酸的产生乃是蛋白质（氨基酸）未氧化（缺氧）所形成的，尿酸过高会造成关节的疼痛，甚至造成痛风，禁食高普林（高嘌呤）的食物（如豆类、肉类等制品）并非是减少尿酸的唯一方法，如体内有充足的酵素，即可加强氧与二氧化碳的新陈代谢，如此尿酸就可以减少形成。
◆抗炎症作用
所谓炎症是指组织细胞局部受损，而感染病原菌引起的发炎。事实上酵素并没有消炎、治疗能力，但它能运来大量的白血球，给予组织细胞治疗伤口的力量。
不论何种疾病，最基本的治疗乃是依靠人体的自然治愈力，即使是时效药、消炎药，也只能消灭病原菌，无法新生细胞，提高身体免疫力。
◆血液净化作用
酵素能分解、排泄血液中的废物和炎症所产生的毒素，避免造成血液循环不良，而引起腰酸背痛、肩颈僵硬、倦怠无力、头重脚轻、食欲不振等一切非疾病的不舒服症状，所以体内毒素可通过酵素来排除，使身体变舒适。
前述所言，酵素能使血液保持微碱性，加速组织血液中二氧化碳的排出，避免红血球堆积一起或血小板聚集形成血栓。
◆增强免疫作用
食物酵素除了促进白血球的吞噬作用，同时亦能强化细胞原有功能，尤其是针对网状内皮系统的免疫功能。因此，若能补充酵素食品或新鲜蔬果，其内所含的营养物质与酵素成分，可以提高身体的免疫功能，对于免疫能力不足者，其原有的感冒、气喘、异位性皮肤炎、风湿痛等疾病将获得明显改善。拥有健康的身体，亦可提高生活质量，心情也会开朗、愉快！
◆细胞修复作用
酵素有促进细胞新陈代谢的作用，是产生体力的一种，还可促进受伤细胞的新生。酵素与一般药物有许多不同之处，除了能改善体质外，首先就是增加体力，这意味着酵素的功效是利用全身作用给予细胞复活作用而治愈疾病，与药物之治疗是利用药品压抑痛楚（症状）的方式是截然不同的。
◆分解食物中的营养素
新鲜蔬果中的酵素或酵素食品，若是可以与三餐搭配一起食用，将可充分帮助消化系统的运作，并可以减少胆、肝与胰脏对于食物消化过程的工作压力。
◆消耗体内脂肪
许多体重过重的朋友，都是因为新陈代谢失去平衡所造成的。内分泌系统是属于新陈代谢的一部分，当人体可以提高新陈代谢，让肠胃蠕动变正常或吃下肚子的食物可以充分被消化，而并不是都转化成脂肪，如此才能成功的减轻体重。这些过程都不是瞬间完成的，重点是，减少脂肪比减重还要重要。因此，减肥的迷思不再局限于”体重”与”数字”，长久又健康的体态维持，是要以消耗体内脂肪为第一优先考虑。
◆提高精神状况
我们的身体都是利用肝脏里的”葡萄糖”去提供下视丘所需的能量。下视丘是专门掌管体内内分泌系统，以及其他身体机能运作与平衡情绪等。所有食物中所得到的营养素传送到全身每个角落，都需要酵素帮忙完成，当营养素运送过程无法顺利进行时，人便会开始出现疲劳、思虑不清晰的状况。
◆促进肌肤健康
适当补充酵素食品或新鲜蔬果，是绝对可以帮助您的肌肤保持青春健康的样貌。根据美国奥勒冈州的研究员安伯亚克森医师（Amber Ackerson）与安东尼 基巧克（Anthony Cichoke）发现，食物酵素可以通过提升体内血液的供给而抵抗皮肤老化，甚至可以带给皮肤营养素，以便代谢与清除皮肤所产生的废弃物，包括老化角质等，使肤质看起来更明亮、健康。
◆提升自愈力
酵素帮助运动员清除受伤部位的纤维蛋白，促进受伤的部位复原更快安东·基巧克医师在研究中更发现，各种类运动，包括美式足球、冰上曲棍球、空手道、游泳、跑步等，运动员受伤时通常都是服用阿司匹林或非类固醇的抗发炎药，但是酵素食品可以代替这些药物，使受伤的部位减轻水肿、发炎与留下疤痕的状况，最重要的是它可以裂解与移除血液、淋巴系统中的纤维蛋白，因为纤维蛋白具有凝血功能，会延长发炎的时间。此外，同样的作用亦可运用在胃发炎与胃溃疡的人，以减轻发炎状况。安东尼.基巧克医师指出，可以减缓上述运动伤害的酵素包括蛋白质分解酵素、木瓜酵素、菠萝酵素等。
中国台湾地区十大死亡原因之分析，发现有很多的健康问题，都与自由基氧化反应有很大的关连。根据2008年台湾省行政院卫生署的统计资料，在十大死亡原因中，因为自由基氧化对于身体侵害所产生的致命力疾病，分别包括恶性肿瘤、心脏疾病、脑血管疾病、糖尿病、慢性肝病与肝硬化、肾炎（包括肾病症候群及肾病变）等。因此清除体内过多的自由基，等同于帮体内排毒与净化身体，中西医的理论是不谋而合的。